La biodiversité des écosystèmes décrit la variabilité des milieux de vie sur Terre et des espèces qui y vivent.  

Un écosystème est formé d’un biotope, c’est-à-dire un milieu de vie et ses conditions, et d’une biocénose, c’est-à-dire un ensemble d’être vivants qui ont des relations entre eux.

Le biotope impose des conditions (température, humidité, nature du sol ….) et la biocénose en impose d’autres (présence de nourriture, présence de prédateurs, présence de parasites ….) qui déterminent quelles espèces vivent dans l’écosystème (donc qui déterminent la biodiversité de l’écosystème. ) 

 La biodiversité spécifique décrit la variabilité des espèces qui vivent en un même endroit.

Une espèce est aujourd’hui décrite comme un ensemble d’êtres vivants qui :

• Se reproduisent entre eux, dont la descendance est fertile: c’est le critère d’interfécondité
• Qui ont plus de points communs entre eux qu’avec des êtres vivants d’une autre espèce ( ressemblances issues d’une évolution commune)
• Qui ont des gènes communs

Cependant, cette notion d’espèce est un concept créé par l’Homme, dont la définition a évolué au cours du temps, et dont les limites sont parfois floues (ex : hybrides qui deviennent fertiles, individus d’une même espèce qui ne s’accouplent plus pour des raisons géographiques … ) 

 La biodiversité intraspécifique décrit la variabilité des individus appartenant à une même espèce.  Ex : Variabilité des couleurs des coccinelles asiatiques, Variabilité des groupes sanguins chez l’Humain….
Cette biodiversité est d’origine génétique puisqu’elle est due à l’existence de plusieurs allèles pour un même gène.
Les êtres vivants d’une même espèce ont les mêmes gènes mais leurs allèles sont différents, donc leur phénotype est différent.